Совокупность генов всех микробов, населяющих желудочно-кишечный тракт человека, количественно превосходит собственно человеческий геном и может сказать многое об образе жизни и состоянии здоровья индивидуума - Гранит науки - 2010-03-29

Совокупность генов всех микробов, населяющих желудочно-кишечный тракт человека, количественно превосходит собственно человеческий геном и может сказать многое об образе жизни и состоянии здоровья индивидуума – журнал Nature опубликовал метагеном флоры нашего кишечника.

Проект 7-й рамочной программы Евросоюза MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract) стартовал около 2 лет назад и имел целью оценить влияние кишечной флоры на здоровье человека. Как поясняет координатор проекта доктор Дуско Эрлих (Dusko Ehrlich) из французского Национального Института агрономических исследований (Institut National de la Recherche Agronomique), не все бактерии-обитатели желудочно-кишечного тракта поддаются культивированию в лабораторных условиях, а потому для получения информации об особенностях их жизнедеятельности целесообразно расшифровать генетические последовательности этих микробов. Что и было сделано в сотрудничестве с китайскими коллегами под руководством доктора Цзюнь Вана (Jun Wang) из Пекинского Геномного Института в Шеньчжене (Beijing Genomics Institute at Shenzhen). Результаты опубликованы в Nature (4 March, 2010). Флора кишечника, т.н. микробиом, состоит из тысяч бактерий, грибов и других микроорганизмов, которые расщепляют токсины, производят витамины и жизненно важные аминокислоты, а также создают барьер на пути патогенных паразитов. Применение метагеномного подхода, при котором расшифровывается вся ДНК, присутствующая в образце среды обитания исследуемого микробного сообщества, позволяет довольно быстро получить информацию о миллионах генов микроорганизмов, которые ее населяют.

Материал для генетического исследования микробиома человека был получен из фекалий, образцы которых предоставили 124 европейца. Как сообщает портал Medical News TODAY, среди доноров были как здоровые люди, так и страдающие воспалительными заболеваниями кишечника, а также избыточным весом или ожирением. На основании размера среднего бактериального генома, ученые подсчитали, что расшифрованные ими 3.3 миллиона генов кишечной флоры можно отнести к 1000 видов микробов, живущих в желудочно-кишечном тракте участников исследования. По словам доктора Джорджа Вейнстока (George Weinstock), генетика из Университета Вашингтона в Сент-Льюисе (Washington University in St. Louis), которые приводит Nature News, «это (расшифровка генетической последовательности) самый мощный микроскоп, использовавшийся когда-либо для описания микробного сообщества». В этом исследовании также получены сведения, позволяющие строить предположения о том, как бактериям удается выживать в недружественной им среде человеческого кишечника - здесь повышенная кислотность, нет ни кислорода, ни света. Однако микробы нашли некие эволюционные механизмы. Еще одно открытие, вытекающее из метагеномного анализа кишечной флоры: каждый индивидуум, обладая только 160 из тысячи возможных микробиомных видов, на 40% совпадает по своей флоре с половиной остальных участников исследования. Составленный генный каталог кишечной флоры станет базой для изучения связи между микрофлорой и определенными заболеваниями, а также особенностями диеты.